Le projet AlpES est composé de différents modules de travail. Ainsi en dehors du module de travail concernant la gestion et celui sur la communication, quatre autres modules de travail sont dirigés par différents partenaires du projet avec l'appui de l'ensemble des partenaires.

1. Module de travail Ecosystem Services - Alpine Concept, Institute for Environmental Planning and Spatial Development
2. Module de travail Mapping & Assessment, European Academy of Bozen/Bolzano
3. Module de travail WebGIS & WIKIAlps, The Institute for Interdisciplinary Mountain Research, Austrian Academy of Sciences
4. Module de travail Capacity Building Model, Safe Mountain Foundation
5. Module de travail Management, European Academy of Bozen/Bolzano
6. Module de travail Communication, Office of Environment (Principality of Liechtenstein)/CIPRA International